O Comissariado atual passou por uma longa história. Em 1808, houve a independência do Comissariado de Portugal, sendo erigido o Comissariado do Brasil, com sua sede à Rua Santo Sepulcro, nº 10, Cascadura, Rio de Janeiro. Tal Comissariado compreendia o Rio de Janeiro (sede), com filiais na Bahia e em Sabará (MG). Por outro lado, constam nos arquivos da Custódia da Terra Santa os nomes (alguns sem o sobrenome) dos Comissários do Brasil da época e o ano em que visitaram a Custódia: Frei Francisco (1808); Frei Leonardo (13/07/1844); Frei José Damasus Pereira (15/10/1855); Frei Rafael Girardengo (setembro de 1872); Frei Aloísio Zaccagni (26/12/1874); Frei José Maria (01/08/1878); Frei Alexandre Ignatius Brid (06/03/1893); Frei Ciríaco Hielscher (12/11/1907); Frei Júlio Berten (15/03/1917) e Frei Paulo Stein (03/02/1923). (Cf. arquivo: Status Terrae Sanctae, De Commissariis Terrae Sanctae, 1924, p. 162.).

Documentos da Superintendência Fazendária Imperial revelam que em 1881 a área, calculada na época em 38.229 metros quadrados, passa a ter como foreiro o Frei José Maria Dollarto. Trinta anos depois, isto é, 1911, uma nova demarcação do terreno é feita e a planta imobiliária da Superintendência Fazendária Imperial mostra como proprietária da área a Obra Pia da Terra Santa no Brasil.

Consta no arquivo da Custódia uma carta (manuscrita) ao Revmo. Frei Aurélio da Buya, Custódio, datada a 21 de maio de 1897, na qual ele cita o Comissariado de Petrópolis, ao escrever da Bahia, reclamando que estavam querendo vender o Comissariado de lá e que haveria dificuldades em conseguir outro local, uma vez tal Comissariado não tinha mais espaço junto ao Comissariado de Petrópolis. Esta carta é assinada pelo Frei Isaia Piscitelli . (Fonte: Arquivo da Custódia da Terra Santa, Jerusalém, Israel.)

O Comissário da Terra Santa no Brasil, Frei Alexandre I. Brid, em seu livro, de 1895, escreve os seguintes dados:

“Para recolher as esmolas dos fieis e remette-las á Terra Santa, a Ordem Franciscana tem incumbidos, em todas as nações catholicas, religiosos da mesma Ordem que estão divididos em Commissariados chamados da Terra Santa... [...]. Petropolis – Commissariado Geral da Terra Santa no Brasil, Rvd. P. Fr. Alexandre I. Brid – Hospicio da Terra Santa”. (O Santo Sepulchro de Nosso Senhor Jesu-Christo, com mais algumas noticias e appendices, pelo P. Commissario da Terra Santa: Fr. Alexandre I. Brid, Rio de Janeiro (Typ. Leuzinger), 1895, p. 41-42.)

Sabemos que o Comissariado da Terra Santa funcionou em Petrópolis até o ano de 1918. Neste ano, uma grave epidemia de gripe, após o término da 1ª Guerra Mundial deixou um grande número de crianças e idosos desamparados, por terem perdido seus familiares. Essas pessoas necessitavam de cuidados especiais e isso preocupou algumas personalidades da sociedade petropolitana (Wenceslau Braz Pereira Gomes; Conselheiro Rui Barbosa; Barão de Oliveira Castro; Princesa de Belford, Herminia de Souza Sampaio; Conde de Paranaguá, Mário Pinheiro; Conde Paulo de Frantis e muitas outras), que se mobilizaram buscando auxílio. No dia 14 de abril daquele ano, o grupo fundou a Associação Protetora do Recolhimento de Desvalidos de Petrópolis. A instituição contava com a contribuição da sociedade para a manutenção financeira e a dedicação das religiosas da Congregação de São José de Chambery no atendimento diário.

Em 9 de maio de 1919, foi lavrada no Cartório do 2º Ofício de Justiça a escritura de compra e venda do imóvel, tendo como vendedora a Obra Pia da Terra Santa no Brasil e como compradora, a Associação Protetora do Recolhimento de Desvalidos de Petrópolis.

A associação foi aos poucos determinando seu carisma em atender somente crianças e, sobretudo, optando pelos meninos, quando em 1969 passou a denominar-se Casa dos Meninos de Petrópolis. Atendendo em regime de internato, esse trabalho permaneceu até 1989, quando, para melhor se adequar às necessidades dos usuários, passou para o regime de semi-internato.

A partir de 1998, a Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil passou a fazer parte, ainda que indiretamente, do trabalho desenvolvido pelo Centro Educacional Terra Santa (CETS). Naquele ano, elegeu-se nova diretoria, tendo como presidente o Frei Johannes B. Bahlmann. Toda a equipe de coordenação foi renovada. As Irmãs Franciscanas de Siessen e frades estagiários (estudantes do Instituto Teológico Franciscano) começaram a trabalhar em busca de resgatar o carisma inicial de atender crianças e adolescentes desprovidos dos direitos básicos da vida.

Em 2005, a Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil assumiu, financeiramente, o Projeto Cultura pela Paz, nomeando Frei Ivo Muller, como frade responsável pelo projeto.

No dia 08 de outubro de 2007, às 18 horas, realizou-se a Assembléia Geral Extraordinária do Centro Educacional Terra Santa, que votou em favor da dissolução da entidade, conforme o parágrafo único do artigo 33 do seu Estatuto, com a passagem de seus bens imóveis, bens móveis e projetos em andamento à Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil. No dia 12 de outubro do mesmo ano, o Definitório (Conselho) da Província aprovou tal doação, para que se pudesse dar continuidade aos projetos propostos.

Em base a tal aprovação, entrou também o Comissariado da Terra Santa, que volta às suas origens, funcionando em modo oficial em sua sede original.

Atualmente, além do Comissário, são oito frades estudantes de Teologia fazem estágio no CETS e dão importante contribuição nos serviços de captação de recursos, visitação e atendimento às famílias das crianças atendidas, inserção de jovens no mercado de trabalho e encadernação.